Fue fundada en el mes de agosto de 1896 con el nombre de ‘Escuela Graduada Modelo para Varones’, posteriormente el Consejo General de Educación resolvió que llevara el nombre de ‘Dr. Benjamín Zorrilla’, en honor al ilustre salteño.
En un comienzo funcionó en un edificio existente entre calles España y Balcarce (hoy Banco Hipotecario) hasta los años ’40, fecha en que se inaugura el Edificio del Colegio Nacional de Salta y es trasladada a la calle 20 de febrero 21 (antiguo convento de Los Mercedarios) lugar que quedó desocupado por el traslado del Colegio Nacional a su nuevo edificio. En el año 1.955, se convierte en escuela mixta.
Un hecho anecdótico para destacar: cuando se produce el traslado hacia su actual domicilio, 20 de febrero 21, en una emotiva ceremonia docentes y alumnos transplantaron la palmera existente en el patio de la antigua escuela a un cantero de la Plaza 9 de julio sobre calle Mitre.
La escuela desarrolló sus actividades en el local calle 20 de febrero 21, luego por razones edilicias el gobierno decide el traslado de la gran comunidad EGB 1 y 2 y N I a dos edificios distintos, los cuales se encuentran geográficamente distantes y EGB 3 absorbido temporariamente por los colegios Arturo Illia y Scalabrini Ortiz. En un principio la mudanza se realizó en el mes de febrero de 2005, a los locales de calle Alvear 435 –ex Liceo Cultural Docente- y Caseros 1.866 –ex Escuela Moderna.
Más tarde, por razones de distancia y poca funcionalidad de dichos espacios se trasladó a los siguientes locales: Mitre 349 y Córdoba 175 –ex edificios del Poder Judicial-. Asimismo, es depositaria de la bandera de la República de Siria.
