Debido a los procederes del Gobernador del Tucumán y Fundador de Salta, sus contemporáneos juzgaron que lo único bueno que había hecho fue acatar la orden del Virrey Toledo de fundar una nueva ciudad, pero nadie quería recordar sus abusos y ni siquiera su nombre. Ya en Documentos no muy posteriores a la destitución de Lerma, la ciudad comienza a ser llamada San Felipe el Real o Ciudad de Salta.
El nombre del paraje, valle de Salta, era muy anterior a la fundación de la ciudad y puede provenir del nombre de los indios saltas; o salla ta “peñas-lugar”; o sagtay “reunión de lo sobresaliente”.
Otra versión aduce Dn. Atilio Cornejo en "Apuntes Históricos de Salta": "... cuando don Diego Almagro en compañía del inca Paullú, y sus numerosos soldados peruanos, se abrían paso hacia el reino de Chile, al llegar a las alturas del Angosto de Arias, desde donde descubre la mirada el anchuroso y pintoresco valle que se extiende al Sud, y que Lerma bautizó con su apellido, sorprendidos los expedicionarios por las bellezas del paisaje, exclamaron, en el idioma aimará, que era el de su nación: “¡Sagta! ¡Sagta!” que equivale a decir, muy hermoso, en idioma español"
Según los estudiosos del Ka-Kan, lengua de los nativos originarios, "SAJTTA" quiere decir lugar que se mueve, muy seguramente referido a la situación sísmica del luagar.
Acepciones que no se contraponen sino que enriquecen semánticamente el nombre del lugar que ha sido asiento de muchas poblaciones nativas antes de la llegada de los españoles, un lugar ubicado entre montañas, un valle hermoso que se prestó para ser reunión de importantes transacciones comerciales y hechos históricos.
EL NOMBRE DE SALTA ES ANTERIOR A SU FUNDACIÓN
Fué, sin duda, Francisco de Aguirre quién proyectó fundar una ciudad en el valle de Salta, de acuerdo a su vasto plan trazado respecto del actual territorio argentino. De ahí que el Virrey don Francisco de Toledo en los nombramientos de Gobernadores del Tucumán a favor de Gerónimo Luis de Cabrera (1571), Gonzalo de Abreu y Figueroa (1575) y Hernando de Lerma (1577) los extendiera ``con la condición de fundar una ciudad en el valle de Salta'', y en el sitio que mejor les pareciere, para contener a los indios chiriguanos y calchaquíes. El mismo Toledo autorizó a Pedro de Zárate en 1575 para fundar una ciudad `` en cualquiera de los tres valles, Salta, Jujuy o Calchaquí'', fundándola seguramente en Campo Santo, bajo el nombre de San Francisco de Alava siendo luego destruída por los salvajes. El oidor de la Audiencia, Juan Matienzo, en 1556, ya se refería al valle de Salta en su obra ``Gobierno del Perú''.
Como podemos apreciar el nombre de Salta ya existía como algo estable cuando los españoles llegaron a estos sitios. En efecto, en el acta de la fundación de Salta, realizada el 16 de abril de 1582 por el licenciado don Hernando de Lerma, se empieza así: “En este valle de Salta”, etc., y más adelante se dice: ''y que de hoy en adelante para siempre jamás se nombre y llame esta dicha ciudad, la ciudad de Lerma, en el Valle de Salta, Provincia de Tucumán, y que así se ponga en todos los autos y escrituras que se ofrecieren”.
Cuando fundó, pues, Lerma la ciudad, el nombre de Salta estaba consagrado, y se dice que “su señoría el señor Gobernador ha venido a este dicho valle y asiento con campo formado y gente de guerra, a la conquista de este valle de Salta, Jujuy, Calchaquí, Pulares, Cochinoca, Omaguaca y todos los demás circunvecinos y Comarcanos que son de guerra y rebelados contra el servicio de S. M.; y para poblar en su real nombre una ciudad y pueblo de españoles”, etc. Vemos, pues, en todos estos nombres de valles, palabras indígenas, indicadoras de las diversas tribus que los habitaron y que aún se conservan.
OTRA VERSIÓN DE SU FUNDADOR
Esta terrible historia que aparentemente explica el actual nombre de la ciudad de Salta tiene sin embargo otra versión. Por esta otra historia el Licenciado don Hernando de Lerma fue uno de los pocos hombres ilustrados que llegó a las colonias, poseía un titulo universitario, era licenciado en leyes, muy diferente en eso de aventureros segundones y otra clase de gente de dudosa reputación que pobló América.
Según algunos, don Hernando de Lerma enfrentó el poder de la Iglesia con su poder temporal. Tal vez fue un marrano, o judío converso, y trató de proteger a otros como él en suelo americano; su conocimiento de leyes lo hizo un adversario temible, por lo que La Iglesia se confabuló en su contra creando versiones terribles sobre su persona. Esas historias sobre su despotismo y herejía se difundieron entre sus contemporáneos y en las cortes de justicia hasta lograr su condena. Esas fueron las que llegaron hasta nuestros días.