Salas
En sus salas se han dispuesto diversas colecciones tratando de dar un panorama de la historia de Salta. Varios circuitos pueden recorrerse siguiendo un orden o en forma independiente. Incluyen "Los orígenes de nuestra historia" con representativas colecciones de objetos de la etapa prehispánica, ordenados cultural y cronológicamente, tratando de marcar los cambios que ocurrieron en estas primeras sociedades.
Otro circuito, ubicado en planta alta, intenta dar un panorama de los aspectos importantes del período de la Colonia. En él se encuentran la Sala Capitular con un mobiliario de sillones encadenados de fuerte influencia luso-brasileña; salas dedicadas al Arte Sacro, tan rico y abundante en ese período y cuya producción se prolongó casi sin modificación hasta muy entrado el siglo XIX, y una sala que refleja las actividades económicas de la época, representadas por una excelente colección numismática.
En la planta baja se exponen salas dedicadas a mostrar la evolución que experimentó la ciudad de Salta y su arquitectura con elementos que pertenecieron a importantes edificios ya desaparecidos.
Un cuarto circuito está dedicado al Período Independiente, tratando de unificar a diversos personajes que actuaron en Salta pero dentro de un contexto histórico mayor.
Finalmente, el último patio presenta los medios de transporte y su relación con los caminos del virreinato y del país hasta principios del siglo XX.
Además de las muestras permanentes, el museo ofrece: exposiciones temporarias; servicios de visitas guiadas para delegaciones escolares y para público en general; talleres recreativos para diversos grupos de interés: cursos; charlas y conferencias a cargo de personal de la institución o de especialistas invitados.