Su padre era el jefe del ejército en toda la Gobernación del Tucumán, que incluía desde Jujuy hasta Córdoba. Estudió en el Colegio de Monserrat, en Córdoba, y regresó a Salta. Se enroló en el ejército del Rey a órdenes de su padre y prestó servicios en la frontera del Chaco. En 1777 participó en la represión de una rebelión de indígenas encomendados en Atacama, aplastándola con cierta dureza.
Fue parte de las tropas que enfrentaron y derrotaron a Túpac Amaru, en 1781. Ocupó algunos cargos políticos de importancia en la administración colonial y en el cabildo salteño, donde en 1796 fue alcalde de primer voto.
Viajó en 1804 a España, pero nunca llegó: fue capturado en octubre por los ingleses en alta mar, y conducido prisionero a Londres. En este mismo ataque fueron arrestado otros notables rioplatenses, entre ellos Diego de Alvear, gobernador de Misiones, que perdió ese día a casi toda su familia, excepto a su hijo Carlos. Regresó a Buenos Aires a fines de 1808.
El virrey Santiago de Liniers lo nombró gobernador de la Intendencia de Salta del Tucumán en enero de 1809, pero tardó más de un mes en llegar a su destino.
Su provincia incluía las actuales de Jujuy, Salta, Tucumán, Catamarca, Santiago del Estero y Departamento de Tarija, y la capital era la ciudad de Salta. Una vez en ésta, ordenó varias obras hidráulicas y la pavimentación de calles. También inauguró la Catedral de Salta y recibió al primer obispo de la ciudad, Nicolás Videla del Pino. Prestó valiosa ayuda al general Vicente Nieto, que marchaba hacia Chuquisaca, donde aplastó la revolución de mayo de 1809. Tenía un gran programa de obras públicas pendiente, pero las convulsiones políticas no lo dejaron llevarlo a cabo.
Fue reemplazado por orden del virrey Cisneros, que desconfiaba de él, considerándolo proclive a la independencia. En el mes de mayo asumió el cargo Joaquín Mestre y al poco tiempo, éste fue reemplazado por José de Medeiros.
A principios de mayo de 1810 fue nombrado nuevamente gobernador, aunque la orden llegó a Salta en los primeros días de junio. Pocos días después, se recibió la noticia de la Revolución de Mayo. Isasmendi convocó a un Cabildo Abierto para el 16 de junio e hizo pública la noticia, apoyando al parecer a la Primera Junta.
Pero al ver que varios de los miembros del cabildo pretendían deponerlo, y al saber además que en Córdoba se estaba organizando una contrarrevolución, arrestó a los miembros del cabildo local en el propio edificio del cabildo. Uno de ellos, el regidor Calixto Gauna, consiguió escapar y llegar en ocho días a Buenos Aires.
Los realistas salteños más decididos nombraron a otro gobernador, José Antonio Fernández Cornejo, que había sido anteriormente arrestado por el propio Isasmendi, y que llegó a tener algún poder en Salta. Pero Isasmendi siguió siendo reconocido por el resto de la provincia de Tucumán.
La Junta de Buenos Aires nombró gobernador a Feliciano Chiclana, que llegó a Salta en agosto, poco después de la derrota de los contrarrevolucionarios de Córdoba. Chiclana arrestó a Isasmendi y lo envió preso a Buenos Aires. Si bien fue puesto en libertad, la Junta le hizo saber que no confiaba en él, de modo que no hizo ningún intento de reclamar por su arresto y deposición.
