Gregorio de Castañeda fue un militar y conquistador español, gobernador del Tucumán entre 1561 y 1563. Llegó a Chile en diciembre de 1543 en el refuerzo de tropas que traía el capitán Alonso de Monroy, tenía el rango de alférez. Tras cuatro años en ese país, regresó a Perú, en la misma fragata que iban los acusadores de Pedro de Valdivia. En el proceso que se formó contra el conquistador de Chile, Castañeda declaró a su favor, y esa declaración contribuyó a que Valdivia fuese absuelto

Fue designado en 1561 como teniente de gobernador por Francisco de Villagra, gobernador de Chile, en reconocimiento por su testimonio en favor de Valdivia.
Castañeda comenzó su gobierno capturando por sorpresa a su predecesor Juan Pérez de Zurita, quien pretendió desconocer su autoridad. Sin guardarle ninguna consideración a su ex jefe, Castañeda lo sometió a un duro juicio de residencia, le quitó su encomienda de indígenas y lo envió preso a Chile, en agosto de 1561. La encomienda le fue otorgada a Francisco de Godoy, yerno de Francisco de Aguirre.

El 20 de agosto de 1561 fundó la ciudad de Nieva, primera fundación de la actual ciudad de San Salvador de Jujuy, colocándole ese nombre en honor al virrey del Perú, Diego López de Zúñiga y Velasco, conde de Nieva. Pero las condiciones de su fundación fueron tan precarias que pronto hubo que abandonarla.

Le cambió los nombres a todas las ciudades de la gobernación, solamente Santiago del Estero conservó su nombre. Este gobernador soñaba con descubrir y explotar yacimientos de oro y plata en Famatina, acerse una fortuna, quedar bien ante el virrey del Perú, y finalmente abrirse puertas para cargos de mayor importancia. Nada de esto se concretó.

Contrariamente, Castañeda cometió muchos desaciertos, tenía un carácter arbitrario y se enemistó con los viejos conquistadores, a quienes quitó las encomiendas de indígenas que les había otorgado Pérez de Zurita.

Castañeda abusó en provecho propio de las encomiendas de Manogasta y Soconcho. Aprovechando una viaje del gobernador hacia el norte, los calchaquíes, contando con la ayuda de aborígenes de Catamarca, atacaron las ciudades españolas. El mayor número de los atacantes hizo difícil su defensa. Ante su acoso, Castañeda debió trasladar Londres al valle de Conando en el año 1562, actual ciudad de Andalgalá.

Tuvo procedimientos inhumanos pues pretendió imponerse con el terror. Esto enfureció a los aborígenes que dieron muerte a los primeros habitantes de la ciudad de Córdoba del Calchaquí. Las fuerzas del cacique Juan Calchaquí, destruyeron las ciudades de Londres, Nieva y Cañete, matando a treinta hombres y quince mujeres y niños, todos españoles. Las tres ciudades pobladas por Pérez de Zurita fueron despobladas en el gobierno de Castañeda.

Al llegar las noticias de Cañete, en enero de 1562, partieron desde Santiago del Estero cuarenta soldados bien pertrechados con ciento veinte caballos, para poder -mediante una marcha forzada- llegar a defender esa ciudad. Iban muchos soldados destacados como Hernán Mejía de Mirabal, Santos Blázquez, Francisco de Carvajal, Juan Pérez Moreno y Alonso Abad.

El 22 de noviembre de 1562 el cacique Juan Calchaquí cercó la ciudad de Córdoba del Calchaquí con más de 4000 hombres. Los defensores de la ciudad eran sólo 30 españoles y unas cuantas mujeres. Los atacantes intentaron derribar las murallas, acabar con los alimentos y romper con sus flechas las tinajas con agua. Durante cuatro días y sus respectivas noches, los naturales atacaban en grupos de guerreros descansados, mientras que los españoles eran siempre los mismos, quienes cada vez estaban más heridos y con escasas municiones. Fue una lucha brutal, hasta que la cuarta noche los españoles, aprovechando un vano abierto en la muralla, escaparon a caballo llevando a sus mujeres y niños. La descripción de esa batalla fue dada por Alonso Díaz Caballero, uno de sus pocos sobrevivientes, el 21 de enero de 1564. La caída de esta ciudad produjo un desbande en las poblaciones españolas situadas en ese valle. Todos huyeron y se guarecieron en Santiago del Estero que era la única ciudad que quedaba en pie en diciembre de 1562.

Larga fue la contienda entre los capitanes procedente del Perú y los de Chile. Sucedió muchas veces que estos últimos renegasen de su origen y aceptasen la jurisdicción de Charcas, como lo hizo el general Juan Pérez de Zurita, uno de los más ilustres hombres de su tiempo. Vino contra él Gregorio de Castañeda; lo prendió y lo remitió al otro lado de los Andes. Llevado el pleito, por éste y por otros territorios, al conocimiento de la Corte, informó el Consejo de Indias y se expidió al fin la Real Cédula del 20 de agosto de 1563 en la que se declaró que todos los territorios que quedaban al oriente del cordón central de la Cordillera pertenecían a la gobernación del Tucumán; por lo cual las autoridades de Chile debían abstenerse de entrar en ellas. Esta cédula tiene grande importancia actual en nuestra cuestión de límites con Chile.

Posteriormente asumuría como gobernador por segunda vez Francisco de Aguirre.

A mediados de 1567, Castañeda tomó un barco rumbo a Concepción. En una tormenta el barco naufragó provocando su fallecimiento.

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