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Alonso de Cepeda nació en 1536, en Villaviciosa, Asturias. Sus padres fueron Pedro de Cepeda y Teresa Pérez. Era pariente de Santa Teresa de Jesús.
Fue uno de los que arribó al Tucumán con Juan Núñez de Prado. Si bien no fue del grupo fundador de la ciudad de Santiago del Estero, fue alcalde de esa ciudad en 1587. Contrajo matrimonio con María de Villarroel Maldonado, hija de Diego de Villarroel, fundador de San Miguel de Tucumán.2 Con ella tuvo dos hijos, Teresa y Diego de Cepeda Villarroel.
Fue uno de los que aconsejó fundar la ciudad de Salta y aportó para ello con mil pesos. Posteriormente se enemistó con el gobernador Hernando de Lerma por no haber cumplido una orden suya, consistente en aprehender a fray Francisco Vázquez, administrador del obispado, y a Francisco de Solís. Lerma lo hizo arrestar y lo tuvo engrillado junto a los capitanes Santos Blázquez, Juan Rodríguez Juárez y Pedro de Villarreal. Luego lo remitió a Salta enfermo. Debido a su persecución tuvo que huir al Perú.
Cuando Lerma fue destituido y apresado, Cepeda regresó a Santiago del Estero en 1583. Se le otorgó la encomienda de Mozana y en esa estancia se hacían corridas de toros. Ocupó el cargo de teniente de gobernador de Santiago del Estero.
Cepeda fue designado por la Real Audiencia de Charcas el 15 de julio de 1584 como gobernador interino, capitán y justicia mayor del Tucumán, hasta la llegada del gobernador designado capitán Juan Ramírez de Velazco. Mantuvo la paz en la provincia.
En 1584, Alonso Abad, persona que había ocupado cargos importntes en la provincia, fue elegido por el Cabildo como procurador general de Santiago del Estero y recibió el encargo de Cepeda de levantar una información destinada a probar los servicios prestados por sus vecinos en el descubrimiento y conquista de la gobernación y en la fundación de las ciudades de San Miguel de Tucumán, Nuestra Señora de Talavera, Córdoba y Salta, la que a su fin la elevó al gobernador Cepeda. Es la probanza de méritos y servicios de dicha ciudad.
El 15 de abril de 1585 se fundó la ciudad de Concepción del Bermejo, que subsistió unos 45 años hasta que fuera despoblada por los continuos ataques de los naturales. Durante su gobierno se construyó el primer molino harinero en 1586.
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