Al comienzo de la primera corriente colonizadora que penetró al territorio del Tucumán al mando del Capitán Diego de Rojas, quien llegó a Santiago del Estero con una expedición que había partido desde Perú, en un lugar denominado Maquijata (departamento Choya) se trabó en lucha con los indios tonocotés, fue herido por una flecha envenenada y falleció en Salavina.

Expedición de Nuñez del Prado

Se formó entonces una nueva expedición al mando de Juan Núñez del Prado quien fue enviado por la Audiencia del Perú para establecer una ciudad en la región descubierta por Diego de Rojas. Siguiendo la ruta del fallecido conquistador, fundó el 29 de junio de 1550 la Ciudad del Barco I, que estaba emplazada a 40 Km. al sureste de la actual ciudad de San Miguel de Tucumán.

La Gobernación de Perú cuestionó que se había fundado la ciudad en jurisdicción de la Gobernación de Chile. Núñez del Prado trasladó entonces en 1551 la ciudad hacia el noroeste, al Valle de Quiriquiri, dentro de los valles Calchaquíes. Se denominó entonces Ciudad del Barco II y estaba ubicada en el actual pueblo de San Carlos, provincia de Salta.

Los ataques de los indios Calchaquíes obligaron a Núñez del Prado a trasladarla nuevamente. Fue ubicada entonces sobre la margen derecha del río del Estero (río Dulce) en el actual territorio santiagueño. Surgió así la Ciudad del Barco III.

 Pero en 1553, el Gobernador de Chile, don Pedro de Valdivia, otorgó a  Francisco de Aguirre poderes  para hacerse cargo de la ciudad ya que según ellos seguía correspondiendo su jurisdicción. Llegó así al territorio santiagueño y se dirigió a Ciudad del Barco II, a la cual encontró despoblada, pasó entonces a Ciudad del Barco III y la tomó por la fuerza.

Núñez del Prado, que había salido a buscar un nuevo sitio para la ciudad, fue apresado a su llegada y enviado a Chile.

Aguirre trasladó a la ciudad más al norte, dándole el nombre de Santiago del Estero del Nuevo Maestrazgo. La fundación ocurrió el 25 de julio de 1553 y se estima que la ciudad tenía en ese momento 100 pobladores.

Quedó así constituida la primera ciudad del territorio argentino que ha perdurado hasta el presente y que fue, en los primeros tiempos de la conquista española, la capital de la Gobernación del Tucumán y centro colonizador del noroeste argentino.